一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。

目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。                                                                      　　十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑……

这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。                                                                      　　50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。

位于东京的东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发，导致东都线列车损毁。经过一番推理，柯南（高山みなみ 配音）等人认定这与8年前朝仓主持负责的北之泽水坝的修建有关。当年为了修建大坝，朝仓动员北之泽村的人民搬入新村，可是仍有许多人反抗到最后阶段。为了探明真相，柯南、灰原（林原めぐみ 配音）、少年侦探团以及毛利小五郎（小山力也 配音）等人开赴白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国，少年们尽情玩耍，与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民，山尾溪介、远野瑞希、立原冬美等人。他们是从小一起长大的好朋友，而彼此之间似乎又有着某种芥蒂和秘密。真相究竟如何……                                                                      　　本片为《名侦探柯南》第15部剧场版。

在好友风间彻（真柴摩利 配音）的邀请之下，野原新之助（小林由美子 配音）、妮妮（林玉绪 配音）、阿呆（佐藤智惠 配音）和正男（一龙斋贞友 配音）来到了名叫“天下春日部学院”的超级精英学校中进行为期一周的体验入学，风间希望自己能够通过这一周的优秀表现来获得这所学校的入学资格。                                                                      　　在天下春日部学院里，有一套非常严格的评分系统，每个人所佩戴的徽章严格的监视着所有学生的一言一行，如有不慎就会遭到扣分的处罚。在和不求上进只管捣乱的小新大吵了一架之后，风间跑进了矗立在学校内的钟楼里，第二天，风间被发现晕倒在钟楼里，屁股上有一个印记，等他醒来之后，众人震惊的发现，风间变成了笨蛋。就这样，“吸皮皮鬼”的传闻在校园里流传开来。小新一行人决定调查事件的真相，并且找到让风间恢复原样的方法。

故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……                                                                      　　与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！                                                                      　　此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……

堪称动画史上的最强对决到来！传奇大盗鲁邦三世（栗田贯一 配音）和他的战友次元大介（小林清志 配音）、石川五卫门（浪川大辅 配音）来到东京，以怪盗基德之名挑战日本警察和柯南（高山南 配音）。在此之后，鲁邦高调寄出预告书，扬言要盗取某银行内的稀世珍宝樱桃蓝宝石，为此国际刑警组织（ICPO）的鲁邦三世专门搜查官钱形幸一警部（山寺宏一 配音）与目暮警官（茶风林 配音）为代表的日本警视厅通力配合，决心给大盗迎头痛击。另一方面，意大利偶像歌手艾米里翁·瓦力迪（入野自由 配音）赴日卡演唱会，但威胁杀害偶像的恐吓信也随之而来。                                                                      　　人声鼎沸的演唱会会场，史无前例的对决拉开序幕……

在美国曼哈顿举行的艺术品拍卖会上，一度被认为毁于二战空袭的梵高亲笔临摹向日葵系列2号画作惊艳登场。财大气粗的铃木财团顾问的铃木次郎吉（富田耕生 配音）一骑绝尘，以三亿美元天价将其收入囊中。在之后的记者招待会上，铃木宣布将联系分散在世界各地收藏家手中的向日葵画作集结在日本，举行一次梦幻展览。为此，他聘请毛利小五郎（小山力也 配音）、展览企划负责人圭子•安德森（榊原良子 配音）、画作鉴定师宫台夏美（荣仓奈奈 配音）等七位专家组成“七武士”团队为展览保驾护航。谁知怪盗基德（山口胜平 配音）从一开始便锁定该画作，他不仅大闹会场，还为了抢夺画作而险些炸毁运送专机。                                                                      　　随着画展日期的临近，柯南（高山南 配音）与伙伴们必须尽快越过一座座难以想象的险峰……